Introdotte nel 1993 a seguito dell'istituzione del nuovo Prontuario Terapeutico del Servizio Sanitario Nazionale e originariamente pensate come strumento di governo della spesa farmaceutica, le Note sono progressivamente diventate un mezzo per assicurare l’appropriatezza d’impiego dei farmaci, orientando, in alcuni casi, le scelte terapeutiche a favore di molecole più efficaci e sperimentate.

L’appropriatezza delle prescrizioni non interessa solo l'Italia, ma è una preoccupazione presente un po' in tutto il mondo. Diverse nazioni hanno preso, quindi, strade differenti per cercare di promuovere l'uso corretto dei farmaci. In Italia e in Francia si è preferito adottare lo strumento delle Note. In altri Paesi, come ad esempio in Gran Bretagna e negli Stati Uniti, si fa grande uso, invece, delle Linee Guida.

Le Linee Guida partono dal caso clinico e propongono di volta in volta i possibili percorsi terapeutici. Le Note, invece, partono dal farmaco, indicando per quali patologie e in quali condizioni il suo utilizzo è riconosciuto rimborsabile dal Servizio Sanitario Nazionale.

L'uso dei due sistemi, tuttavia, non è necessariamente alternativo, in quanto Note e Linee guida possono essere utilizzate in modo complementare.

Al momento della prescrizione, il medico deve riportare sulla ricetta il numero della Nota relativa a quel farmaco. In questo modo egli dichiara che ricorrono le condizioni di rimborsabilità previste dalla Nota.

Alcune note prevedono, a maggior garanzia dell’appropriatezza diagnostico-assistenziale, che la prescrizione di particolari farmaci avvenga sulla base di diagnosi e predisposizione di un Piano terapeutico AIFA rilasciato da Centri specialistici individuati dalle Regioni.  Nel caso in cui il farmaco prescritto, per essere ammesso alla rimborsabilità, sia soggetto alla diagnosi e a un piano terapeutico da parte di una struttura specialistica, copia del piano va trasmessa al Medico di Medicina Generale e al Settore Farmaceutico dell'ASL di residenza del paziente. Lo specialista è tenuto quindi a predisporre il piano terapeutico, ma il paziente può ottenere la prescrizione del medicinale dal medico di medicina generale.

Il processo di revisione e aggiornamento delle Note avviene in maniera continua al fine di riflettere le nuove evidenze scientifiche e di superare le eventuali criticità riscontrate in ambito applicativo rendendo tale strumento normativo maggiormente flessibile in risposta alle necessità della pratica medica quotidiana sul territorio nazionale.

Attualmente le Note sono 39, rispetto alle originali 59 del 1993. Le Note, nel corso del tempo hanno subito delle importanti revisioni, tenendo conto dell'efficacia dei singoli farmaci nelle differenti patologie, delle possibili reazioni ai trattamenti, ma, soprattutto, delle evidenze dei più recenti studi scientifici.

Alcuni farmaci, prima coperti da Nota, sono stati ammessi direttamente alla classe A senza limitazioni di rimborsabilità, mentre altri sono passati dalla classe C (a carico del cittadino) alla prescrivibilità a spese del SSN, limitatamente ai casi previsti dalla relativa Nota.  

Con il lavoro di aggiornamento alcuni testi delle Note AIFA sono stati sostituiti con moduli strutturati chiamati Piani terapeutici template AIFA (ex Note) e rappresentano una guida prescrittiva basata sull'evidenza scientifica.