Il sistema informatico dell'AIFA, finalizzato all’automazione di tutti i flussi di tipo amministrativo-contabile e tecnico-sanitario, consente di semplificare le procedure, ottimizzare le risorse e proseguire nel processo avviato dall’Agenzia per una maggiore trasparenza amministrativa.

All’interno dell'infrastruttura confluiscono tutti i servizi informatici in uso presso l’Agenzia; ciò consente di raggiungere il massimo livello di integrazione possibile, sia per quanto riguarda la condivisione interna delle informazioni, sia per quanto concerne la possibilità di interfaccia con i sistemi esterni, in particolare con quelli realizzati in accordo con gli standard dell’Agenzia Europea per i Medicinali (EMA).